�U-３. 電子密度マップの作成・モデルの構築、精密化

回折強度と位相があれば電子密度が計算できます。

昔は電子密度マップを計算するのさえ一苦労で（計算機が遅いうえディスク容量が少ないので沢山はつくれない）、さらに針金などを使ってモデルを作っていました。現在はマップを書くことじたいは数秒でできますし、ＣＧを活用して、立体的に電子密度図(図１１)を眺めながらモデル分子を組み立てていくことが可能となっています。しかしながら、高分解能のデータが得られない場合には、ぼんやりとしたマップしかわかりませんので、大まかな形をもとに、構造化学的な解釈をしながらまず主鎖を組み立て、側鎖、可能であれば結晶中にふくまれる溶媒分子を定義していきます。だいたい、２Å分解能程度の回折が得られれば、側鎖の枝分かれなどもわかります。１Å分解能であれば、原子１つ１つが電子密度の高い球状に見えますが、たいていのたんぱく質の結晶の場合そこまでの分解能はえられません。

得られたモデルは誤差を含んでいますので、モデルの座標から計算される回折強度と、実際に実験で得られた回折強度の差（Ｒ値）が小さくなるように、モデルの原子位置を変化させます（精密化）。