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Ⅲ. たんぱく質構造をWWWで見る
たんぱく質構造の座標は日々データベースに登録され、さまざまな興味深い分子構造が次々と明らかになっていっています。たんぱく質分子は巨大で複雑であり、それらの原子座標そのものを眺めても、また、平面的な図を見てもなにがなにやら さっぱりわかりません。コンピュータとインターネットの発達により、それほど高くないコンピュータで、解析された最新のたんぱく質の構造座標を手に入れ、その分子構造モデルを描いて回転したり、拡大したりすることは非常に簡単になりました。構造研究のための市販ソフトももちろん沢山あるのですが、フリーで手に入る簡単な表示ソフトなどをご紹介したいと思います。
最初のページにでてきましたが、PDBにはたんぱく質の原子座標データベースがあり、それぞれID番号で呼び出すことができますが、IDがわからない場合はキーワードを入力することにより検索することができます。たとえば、ニワトリのトリオースリン酸異性化酵素は コードが 1TPH(図１２) ですから、これを入力して（query
by PDB id only の欄をチェックしておかないと 関連したたんぱく質も引っ張ってきます） Find searchをしてやるとサマリーがでてきます。座標をダウンロードしてファイルにセーブすることもできますが、View
Structureのリンクから実際の構造をブラウザ上で見ることができます。また、VRML, Rasmol, Chime, MICE というフリーのソフトウエアをダウンロードしておくと、インタラクティブに回転させたり拡大したりすることも可能です。
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